西暦2008年。 第3次世界大戦が勃発し、核兵器をはるかに超える磁力兵器を使った。 そのため地軸はねじ曲がり、地震や大津波が襲い、文明は崩壊。 絶滅の危機に瀕した人類の一部は宇宙空間への脱出をはかったが、 狂った地球の引力によりロケットは地球に引き戻されたのだった。 物語は、それから20年後の孤島で始まる。 大陸の大部分は海に没し、わずかに残された陸地で生き残った人類は暮らしていた。 そのひとつ、のこされ島にコナンはおじいと二人きりの生活を送っていた。 ある日、海岸にラナという女の子が漂着した。 地球に生き残っているのは自分たちだけだと思っていたコナンは大喜び。 ところがその後、科学都市インダストリアから飛行艇がやってきて、 ラナを無理やり連れ去っていく。 必死に抵抗するコナン。ところが、その争いでおじいが亡くなってしまう。 悲しみを乗り越え、コナンはラナを救うため旅立つ。