『リトルアンカー』は全12話のストーリーが楽しめる。各話は、テレビアニメのように前半パートと後半パートに分かれている。前半パートは主にアドベンチャーパート、後半パートは戦闘パートという構成。各話の最後には次回予告もあるので、最後までお見逃しなく!
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アドベンチャーパートでは、主人公はクルーからさまざまな提案を受け判断を求められることが! その提案を受け入れるかどうかで、のちのイベントに変化が起こる。プライベート系の選択肢を選ぶと新密度がアップし、仕事系の選択をすると戦闘スキルがアップ。
時には判断に迷ってしまうような"究極の選択"を迫られることもある。どちらを選ぶか、「艦長」としての資質が試されるところ!?