2017年、太陽系外から宇宙船団が飛来。
人類は始めて異星生命体と接触した。
しかし、対話を呼びかける人類に対し、彼らは激しい攻撃によってそれに応える。
EDFはこの異星生命体を「フォーリナー」と呼称。反撃を開始した。

フォーリナーは地球のいたるところに巨大生物を投下。
巨大生物は人類を襲い、そして繁殖していった。
地底に巣穴を掘り、数を増していく巨大生物。
さらにフォーリナーによって、未知の兵器が次々と投下された。
テクノロジーで劣る人類の劣勢は明らかであり、世界は滅びゆこうとしている。
悪化してゆく戦況をもはや覆すことができない、と誰もが悟らざるをえなかった。

だが、EDFは最後の勝負にうってでる。
敵マザーシップに対する決死の攻撃である。
成功するはずのない無謀な作戦。だがその日、人類は史上最大の勝利を手にした。
精鋭部隊ストームは砲火をかいくぐり、死地を越え、友軍の屍を踏み越えてまでも戦い続け……
ついにマザーシップの急所へ致命的な一撃を放つことに成功したのだ。
マザーシップはゆっくりと大地に落ち、爆散する。
母船を失ったフォーリナーは地球を去るしかなかった。
フォーリナー撤退の報は世界中を駆け巡り、勝利の歌がこの星を包んだ。
・・・・・・これがEDFが地球に刻んだ歴史である。

その後１年の戦いを経て、EDFはすべての巨大生物を駆逐。
アリゾナで最後の１体が倒された時、世界中の人々が歓声をあげた。
文明の再建という大仕事も始まった。戦いの傷跡はあまりにも大きい。
しかし、皮肉にもフォーリナーがもたらしたテクノロジーが文明の復興を助ける結果となったのである。
宇宙からもたらされた英知を吸収しながら、人類は平和を謳歌した。

そして、マザーシップ撃沈から８年が経過。人類がかつての繁栄を取り戻しつつあった頃……。
2025年6月28日非常事態発生。地の底深く異変は進行していたのだ。

最後の巨大生物絶滅から7年。
突如の悪夢再び。EDF緊急出動せよ。