地球外から未知の侵略者“アグレッサー”が襲来した。
突如として外宇宙から飛来した全長１Ｋｍもの巨大な空中浮遊物体“ハイヴクラフト”は、わずか３日間でアメリカからロシア、アジア、中東、欧州の上空を移動、世界各地に昆虫に酷似した巨大生物や殺人兵器を次々と投下し、多くの国と地域に攻撃を開始した。
人類は国家の垣根を越え、アースディフェンスフォース（通称EDF）を設立、この脅威に対抗した。しかし戦況は劣勢を極め、かつて栄華を極めた人類の都市は、そのほとんどか次々と瓦礫の山へと化していった。
侵略者に対抗しうる世界中の重要な軍事拠点は既に壊滅状態となり、人類はなす術なく終焉を迎えるかに見えた…。

PAギアと呼ばれる一つのテクノロジーが人類に光明をもたらす。
この対アグレッサー用にEDFが独自開発した戦闘用強化外骨格は、アグレッサーの体内にある未知の鉱物エナジージェムを加工して作られたエナジーコアを動力源としており、歩兵を超人的な身体能力へと変化させた。
これにより、EDFは対アグレッサー用に開発された強力な兵器の数々を、機動歩兵による個人火器への運用へと方向転換していった。PAギアを装着した機動歩兵隊は、小規模ながらアグレッサーの侵略に歯止めをかけることに成功。人類は圧倒的な戦力差を歩兵で補うという消耗戦術に活路を見出そうとしていた。

それまで侵略者”アグレッサー”に蹂躙されるがままであったEDFは、一気に大逆転へと打って出る。ロサンゼルス上空で高度を下げたハイブクラフトに対し、総力戦を敢行したのだ。残る戦力をすべて投入するかのような捨身の撃墜作戦には、研究段階であった新型エナジーコアを装備したPAギアまでもが実戦に導入された。
そしてこの日、人類はついに勝利した。新型エナジーコアを装備した精鋭によって、遂に敵母船ハイヴクラフトは大破、撃墜されたのだ。しかし勝利の代償は大きかった。EDFは持てる戦力の大半と、作戦に参加したすべての精鋭部隊、そして新型エナジーコアのテクノロジーまでも失うこととなったのだ…。

それから7年もの月日が流れた西暦2040年。
廃墟となった無人の都市では、ハイヴクラフトという主を失った巨大生物たちが繁殖を繰り返し、その数を増やし続けていた。巨大な昆虫たちは、人類に代わり地球の新たな支配者となっていたのだ。生き残った市民は、地下へと潜んで都市部での生活を続けるものもいたが、その多くは危険の少ないエリアを探し求めて難民化していた。
ハイヴクラフトの撃墜に成功したEDFも、その戦力にかつての面影は無く、増殖し続ける巨大生物によって弱体化の一途をたどっていた。中枢である指令本部は壊滅、組織はあって無きが如くであった。残存部隊はそれぞれ単独で抵抗を続けていたがかろうじて生き残った基地を拠点としてゲリラ的な抵抗を余儀なくされていた。
絶望に蝕まれた世界で生き残るため、人類は希望なき、そして果てしなき戦いを続けていくしかなかったのだ…。